1999年6月5日，中共中央印发了《关于党中央部门机构改革的意见》。这次改革，主要是根据形势的变化和党的中心工作的需要，进一步理顺职能关系，精简、调整内设机构和人员编制，优化人员结构，增强机关活力。按照“有利于进一步坚持、加强和改善党的领导，有利于进一步巩固党的执政地位和提高党的执政水平，有利于全面加强党的思想、组织和作风建设。要着眼于使各部门关系协调、职责清晰、机构和人员编制精干，形成一个结构合理、管理科学、工作高效的运行机制”的原则进行。

　　此次改革，优化了部门内设机构设置，完成了中央下达的人员编制精简20%的任务。同时还进一步规范了部门机关党务与干部人事管理机构设置的中央纪委监察部派驻纪检监察机构设置。